I Dipartimenti dell'Asl AT si articolano in Strutture Operative Complesse (),
Strutture Operative Semplici Dipartimentali (), Strutture Operative Semplici ().
I Dipartimenti dell'area sanitaria sono sei: Chirurgico, Medico, Servizi, Materno Infantile, Emergenza Accettazione, Salute Mentale.
L'area territoriale comprende i Distretti e il Dipartimento di Prevenzione; l'area amministrativa gli Uffici di Staff e il Dipartimento Amministrativo Tecnico Logistico.

AREA SANITARIA

Dipartimento di Medicina
Dipartimento di Chirurgia
Dipartimento dei Servizi
Dipartimento Materno Infantile
Dipartimento Salute Mentale
Dipartimento Emergenza Accettazione

AREA TERRITORIALE

Dipartimento di Prevenzione
Dipartimento delle Dipendenze

AREA AMMINISTRATIVA

Dipartimento Amministrativo Tecnico Logistico